承接第一季结尾，鸭乃桥论终于查到了当年给他洗脑、植入“禁忌推理”程序的M家族所在地——一个隐藏在东京地下的秘密医疗机构。然而，当他准备潜入时，一个接一个的“完美犯罪”在东京各地发生，所有证据都指向一个匪夷所思的结论：凶手是鸭乃桥论自己。与此同时，他的搭档、单纯的刑警一色都都丸发现，论的行为开始变得古怪，有时会失去某段时间的记忆。论意识到，他的体内可能不止一个“程序”，M家族在他脑中植入了“备用人格”，目的就是为了在他查到真相时将其抹杀并取而代之。第二季的主线是论与自己的“另一面”的对抗，同时每两集解决一个独立案件。最终，论在都都丸的帮助下，找到了“自我意识”与“推理程序”共存的方法，并以自己的意志完成了对M家族的反杀。
本格推理迷的年度盛宴。案件的设计比第一季更加精巧，每一个诡计都经得起推敲。对论的精神世界的挖掘更加深入，“双重人格”的设定带来了极高的戏剧张力。最后一集的反转令人头皮发麻，完美为第三季埋下伏笔。
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